«Волшебная флейта»  это музыкально-философское завещание Моцарта. В нем сосредоточены вечные темы: любовь и измена, верность и предательство, святость и богохульство, жизнь и смерть, а также перемешано смешное и серьезное. Борис Александрович Покровский поставил его как мудрую, трепетную, прекрасную сказку, ни в чем не отступив от замысла композитора.

Действие первое

Юный принц Тамино, спасаясь от страшного змея, заблудился. Обессилев, он падает без чувств. Появляются три дамы и побеждают чудовище. Любуясь спасенным юношей, они хотят рассказать о совершенном подвиге своей повелительнице – Царице ночи. Тамино приходит в себя и видит птицелова Папагено в странном «птичьем» наряде, который делает вид, что спас принца. Три дамы возмущены бахвальством птицелова и наказывают его, повесив на рот замок. Обращаясь к Тамино, дамы сообщают, что его спасение — это их заслуга и дарят принцу подарок от Царицы ночи — портрет ее дочери Памины. Тамино пленен красотой принцессы и влюбляется в портрет. Но как увидеть Памину? Ведь девушка похищена «злым» волшебником Зарастро. Принц полон решимости спасти ее. Царица дарит Тамино волшебную флейту, которая поможет победить зло, и приказывает Папагено помогать принцу. В сопровождении трех мальчиков они отправляются в путь.

Мавр Моностатос, которому поручено охранять Памину, похитил ее. В комнату, где спрятана принцесса, проникает Папагено. Вид мавра приводит птицелова в ужас, но тот пугается не меньше и убегает. Папагено рассказывает Памине о любви принца Тамино к ней и предлагает план побега. Памина соглашается бежать. В погоню за ними бросается Моностатос.

Мальчики приводят Тамино к храму Зарастро. Вышедший навстречу, Зарастро говорит принцу, что тот был обманут. Зарастро вовсе не злой, а справедливый и мудрый правитель, похитивший девушку по велению богов, но большего он сказать не может. В ответ на вопрос: «Жива ли Памина?», Тамино слышит утвердительный ответ. Принц наигрывает на флейте в надежде, что девушка откликнется, а в ответ слышит дудочку Папагено, который ищет его вместе с Паминой. Тамино спешит на эти звуки. Спасаясь от Моностатоса, Папагено пускает в ход колокольчики, подаренные Царицей ночи. Перезвон колокольчиков волшебным образом воздействует на мавра: он забывает о беглецах и исчезает.

Памина и Папагено слышат, как народ восхваляет Зарастро. Напрасно Памина боится волшебника, ведь тот обещает помочь ей встретиться с Тамино. Неожиданно появляется Моностатос. Он поймал Тамино и ведет его к Зарастро. Принц и девушка бросаются в объятия друг друга. Моностатос пытается помешать им. Зарастро приказывает наказать мавра, а влюбленных привести в храм испытаний.

Действие второе

Зарастро сообщает жрецам, что Тамино станет защитником храма мудрости, но прежде он будет подвергнут испытаниям. Боги отдают принцу в жены Памину, ведь именно для этого она была похищена у Царицы ночи.

Тамино готов к испытаниям, птицелов трусит. Неожиданно появившиеся три дамы пытаются заговорить с Тамино, но юноша хранит молчание. Жрецы прославляют стойкость Тамино и предлагают продолжить испытания. Юноша смело отправляется за ними.

Моностатос продолжает искать Памину, но услышав грозный голос Царицы ночи, прячется, чтобы подслушать их разговор. Памина счастлива видеть мать и просит у нее защиты. Царица ночи приказывает Памине убить Зарастро, а в случае неповиновения грозит отречься от дочери.

Подслушавший разговор Моностатос решает, что мать и дочь у него в руках, и шантажом пытается добиться благосклонности Памины. Услышав решительный отказ, он грозит своей жертве смертью, но увидев Зарастро, трусливо убегает. С позором изгнанный волшебником, Моностатос отправляется на поиски Царицы ночи, чтобы пристроиться теперь к ее свите.

Жрецы подвергают Тамино и Папагено первому испытанию молчанием. Вбегает радостная Памина, но принц молчит, несмотря на отчаяние девушки, которая думает, что больше не любима. Папагено также хранит молчание. Страдающая Памина уходит с мыслями о смерти.

По приказу Зарастро вновь приводят Памину. Жрецы заявляют, что принц должен расстаться с ней навсегда. Несмотря на мольбы девушки, Тамино прощается с ней.

Папагено мечтает о прекрасной возлюбленной, но встречает старуху в лохмотьях. Памина с кинжалом в руке ищет смерти, ведь Тамино ее больше не любит. Три мальчика успокаивают принцессу: юноша верен своей любви. Ему предстоит последнее испытание — пройти сквозь огонь и воду. Тамино готов. Появляется Памина, готовая пройти испытания с любимым. Волшебная флейта, подаренная Царицей ночи, должна защитить их в пути.

Юная пара проходит сквозь пламя и бурные потоки воды невредимой. Дорога в храм теперь открыта для влюбленных.

Папагено, потерявший свою Папагену, готов наложить на себя руки от горя. Три мальчика напоминают ему о волшебных колокольчиках, которые могут помочь птицелову вновь обрести возлюбленную.

Последнюю попытку предпринимает Царица ночи, чтобы победить Зарастро. Она обещает Моностатосу свою дочь, если тот поможет уничтожить храм. Наступает день и исчезает тьма, а вместе с ней и власть Царицы ночи. Мрак рассеивается, восходит солнце. Жрецы славят доброту и разум тех, кто победил тьму.